碘伏与碘酊在成分、性状、消毒原理、刺激性、用途、脱碘方面存在差异，碘伏有效碘含量1%-3%，为红棕色较稳定轻微气味液体，释放游离碘杀菌，刺激小，可用于多种皮肤黏膜消毒且一般不脱碘；碘酊含2%碘，红棕色有特臭，碘使蛋白氧化杀菌，刺激强，主要用于皮肤消毒且使用后需脱碘。
一、成分方面
碘伏是单质碘与聚乙烯吡咯烷酮（PVP）的不定型结合物，其有效碘含量一般为1%-3%，是以水为溶剂的消毒液。
碘酊是由碘、碘化钾溶解于酒精制成的溶液，碘含量一般为2%。
二、性状方面
碘伏通常为红棕色液体，稳定性相对较好，气味较轻微。
碘酊为红棕色的澄清液体，有碘与乙醇的特臭。
三、消毒原理方面
碘伏中释放的游离碘可使蛋白质变性，从而起到杀菌作用，对细菌繁殖体、真菌、病毒等都有杀灭作用。
碘酊是利用碘使菌体蛋白质氧化变性、沉淀，进而起到杀菌作用，对细菌、真菌、病毒均有杀灭作用，但对芽孢杀灭作用较弱。
四、刺激性方面
碘伏对皮肤黏膜刺激性较小，一般不会引起明显疼痛，婴幼儿皮肤娇嫩等特殊人群使用相对更安全，因为其对皮肤的刺激小，不容易导致皮肤损伤后较明显的疼痛不适。
碘酊刺激性较强，涂擦皮肤时会引起较明显的疼痛，对于皮肤破损处、婴幼儿等特殊人群使用需格外谨慎，婴幼儿皮肤薄嫩，使用碘酊易造成较大刺激，可能引起哭闹等不适，甚至可能损伤皮肤组织。
五、用途方面
碘伏可用于皮肤、黏膜的消毒，如手术部位消毒、注射部位皮肤消毒、创面消毒等，还可用于口腔黏膜消毒等，适用范围较广，对于多种场景的消毒都能较好应用，尤其适合那些对刺激较敏感部位的消毒。
碘酊主要用于皮肤消毒，由于其刺激性强，一般不用于黏膜消毒，常用于手术前皮肤消毒等，但因为其刺激大，现在在一些精细部位手术消毒等场景使用相对减少，更多被碘伏替代。
六、脱碘方面
碘伏一般不需要脱碘，因为其在皮肤表面残留少且刺激性小。
碘酊使用后通常需要用酒精脱碘，否则可能会引起皮肤灼伤等情况。
