疱疹性咽峡炎婴儿治疗包括一般治疗（休息隔离、饮食调整）、对症治疗（发热处理、口腔疼痛缓解）、抗病毒治疗（多数自限性不常规用，重症等用干扰素α等）及特殊人群注意事项（关注个体差异、小月龄喂养特殊），多数预后良好，1-2周可康复，治疗中需密切观察病情变化并遵医嘱规范治疗护理。
饮食调整：给予清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、稀粥、果汁等，避免食用辛辣、刺激性、过烫的食物，以免刺激口腔疱疹引起疼痛，影响婴儿进食，因为婴儿口腔疱疹处疼痛，刺激性食物会加重不适。
对症治疗
发热处理：若婴儿体温低于38.5℃，可采用物理降温，如温水擦浴，擦浴部位为颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富处，通过水分蒸发带走热量来降温；若体温高于38.5℃，可根据婴儿年龄选择合适的退热药物，如对乙酰氨基酚等，但需严格遵循药品说明书中的年龄等禁忌，因为婴儿体温调节中枢不完善，高热可能引起惊厥等并发症，所以需及时退热。
口腔疼痛缓解：可使用生理盐水漱口，保持口腔清洁，减少细菌滋生；也可在医生指导下使用西瓜霜喷剂等缓解口腔疱疹引起的疼痛，但要注意婴儿使用时避免误吸等情况，因为口腔疱疹会导致婴儿口腔疼痛，影响进食和舒适，保持口腔清洁及使用合适药物能减轻疼痛。
抗病毒治疗
常用药物及适用情况：目前对于疱疹性咽峡炎，多数为自限性疾病，一般不常规使用抗病毒药物，但对于重症或有并发症高危因素的婴儿，可在医生评估后使用抗病毒药物，如干扰素α等，干扰素α具有抗病毒、调节免疫等作用，但使用时需严格掌握适应证和禁忌证，因为疱疹性咽峡炎大多由病毒引起，但多数可自行恢复，过度使用抗病毒药物可能带来不良反应等。
特殊人群注意事项
婴儿个体差异：不同婴儿对疾病的耐受程度不同，一些体质较弱的婴儿可能病情进展相对较快，需密切观察体温、精神状态等变化，若出现精神萎靡、持续高热不退、呼吸急促等情况，要及时就医，因为体质弱的婴儿病情变化可能更迅速，需要更密切监测。
饮食方面特殊考虑：对于小月龄婴儿，要注意喂养方式，避免呛咳，保证营养摄入，因为小月龄婴儿吞咽功能不完善，呛咳可能导致吸入性肺炎等并发症，所以喂养时要特别小心，如采用少量多次喂养等方式。
疱疹性咽峡炎多数预后良好，经过上述综合治疗措施，大多数婴儿可在1-2周内康复。但在整个治疗过程中，要密切关注婴儿的病情变化，遵循医生的指导进行规范治疗和护理。
