肛瘘有流脓、肿痛、瘙痒、排便不畅等症状，流脓量与瘘管长短等有关，肿痛急性感染时情况不同且不同人群表现有差异，瘙痒因脓液刺激肛周皮肤所致且婴幼儿更需注意，复杂性肛瘘易致排便不畅且不同年龄人群受影响不同。
特点：是肛瘘常见症状之一，脓液量多少与瘘管长短、多少有关，新生成的肛瘘流脓较多，脓汁黏稠、黄色、有臭味；时间较久的瘘管流脓较少，或时有时无，呈白色、稀薄状；若脓液突然增多，则表示有新瘘管生成。
影响因素：与患者自身身体状况及肛瘘的发展阶段等有关，比如身体抵抗力下降时，流脓可能会增多。对于儿童患者，由于其新陈代谢相对旺盛，且自身免疫力可能相对较弱，在肛瘘出现流脓症状时，可能更容易因脓液刺激肛周皮肤而出现不适等情况。
肿痛
急性感染时：当瘘管通畅时，一般不会疼痛，仅感觉局部发胀不适；而当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛，内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
不同人群表现差异：成人与儿童在肿痛感受和表现上可能有不同。儿童可能因表达能力有限，更多表现为哭闹、烦躁不安等，而成人可以更清晰地表述疼痛的程度、部位等情况。例如，儿童肛瘘患者在肿痛时可能会因为局部不适而影响正常的坐立、行走等活动。
瘙痒
原因：因脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周皮肤常增厚，伴色素沉着或湿疹样改变。
特殊人群情况：对于婴幼儿肛瘘患者，由于其皮肤更为娇嫩，肛周皮肤受到脓液刺激后更容易出现瘙痒，家长需要更加注意保持患儿肛周皮肤的清洁干燥，避免因搔抓等导致皮肤破损而加重病情。
排便不畅
复杂性肛瘘：较长时间的复杂性肛瘘，可引起肛门直肠周围纤维组织增生，甚至形成瘢痕，影响肛门的正常收缩和舒张，从而出现排便不畅的感觉。
不同年龄人群影响：老年患者本身肠道功能可能相对较弱，若合并肛瘘出现排便不畅，可能会加重其肠道功能紊乱等问题；儿童患者若存在排便不畅情况，可能会影响其正常的生长发育，因为正常的排便对儿童的营养吸收等有重要作用。
