当肾结石引发尿路梗阻、反复感染、药物排石失败，或结石过大、特殊成分，或特殊人群（孕妇、儿童）无法耐受保守治疗时，需手术干预。
尿路梗阻与肾功能损害
结石阻塞输尿管或肾盂导致尿液排出受阻，影像学（CTU）显示肾盂扩张＞10mm、肾实质受压变薄，或血肌酐升高、eGFR＜60ml/min，提示肾功能受损。急性梗阻（如“石街”形成）合并无尿、高热时，需紧急手术（如输尿管镜碎石），避免肾实质坏死或感染性休克。
反复感染或感染性并发症
结石合并反复尿路感染（发热、脓尿、白细胞升高），或血培养阳性、脓肾（肾实质积脓）等感染性并发症时，需立即手术。鹿角形结石（占据肾盂、肾盏超过2个区域）合并感染时，优先经皮肾镜（PCNL）引流尿液，待感染控制后二期碎石。
药物排石失败或高危因素
直径＞0.6cm的肾结石（自然排出率＜10%），或药物排石（α受体阻滞剂如坦索罗辛、钙通道阻滞剂如硝苯地平）无效时，需手术。存在排石禁忌者（如凝血功能障碍、严重高血压、妊娠），即使结石＜0.6cm，也建议直接手术，避免延误病情。
大结石与特殊成分
直径＞1cm的肾结石、鹿角形结石（体积＞500mm3），或尿酸结石（pH＜5.5时药物溶石困难）、胱氨酸结石（溶解度极低），因药物难以排出或溶解，需手术。尿酸结石可尝试别嘌醇、枸橼酸钾溶石，3个月无效则建议经输尿管镜或PCNL碎石。
特殊人群与复杂情况
儿童、孕妇、糖尿病患者为手术特殊人群。儿童肾结石直径＞0.6cm时建议尽早手术；孕妇需多学科协作（泌尿外科+产科），优先选择输尿管镜（创伤小）；糖尿病患者合并肾结石易快速进展为脓肾，保守治疗观察2周无效即手术。合并马蹄肾、肾结核等解剖异常者，需术前三维成像评估，选择个体化术式。
