尖锐湿疣多表现为菜花状、乳头状赘生物，肛门湿疹则以瘙痒、红斑、渗出等表现为主。
首先看外观，尖锐湿疣的疣体通常形态不规则，表面不光滑，而肛门湿疹的皮肤改变多是红斑基础上的丘疹、水疱等。其次，尖锐湿疣一般有不洁性接触史，肛门湿疹多与过敏、潮湿等因素相关。再者，尖锐湿疣生长速度可能相对较快，肛门湿疹的症状相对更具反复性。
从症状感受来说，尖锐湿疣一般局部可能有异物感等，肛门湿疹主要是剧烈瘙痒，且搔抓后症状易加重。另外，实验室检查也可辅助区分，如醋酸白试验等对尖锐湿疣有一定诊断价值，肛门湿疹则无此类特异性表现。
治疗方面也有差异，尖锐湿疣多需采用物理治疗、手术等方法，肛门湿疹主要是抗过敏、止痒等对症处理。
