尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，表现为肛门生殖器部位的疣状赘生物；肛门湿疹是由多种内外因素引起的肛门皮肤炎症反应，以瘙痒、皮疹等为主要表现。
首先，尖锐湿疣的疣体通常是单个或多个，表面不光滑，呈菜花状、乳头状等。而肛门湿疹的皮疹多为多形性，有红斑、丘疹、水疱等，边界一般不太清晰。其次，尖锐湿疣有传染性，主要通过性接触传播。肛门湿疹一般不具有传染性，多与过敏、局部刺激等因素有关。再者，尖锐湿疣的治疗多需要去除疣体并抗病毒等综合治疗。肛门湿疹则以止痒、抗炎等对症治疗为主。
另外，尖锐湿疣的病程相对较顽固，容易复发。肛门湿疹经过规范治疗，症状可缓解，但也可能因诱因再次发作。
还有，尖锐湿疣的醋酸白试验可呈阳性，而肛门湿疹醋酸白试验阴性。
