流行性乙型脑炎的病变主要累及中枢神经系统，以脑实质炎症为主，可导致神经细胞变性坏死、胶质细胞增生及血管周围炎症细胞浸润，严重时可引发脑水肿、脑疝等致命并发症，病程约1~3周，恢复期可能遗留后遗症。
- 神经细胞损伤：乙脑病毒通过血脑屏障侵入神经元，引起神经元变性、坏死，尤其在大脑皮质、基底核、丘脑等部位明显，导致神经功能障碍，如意识障碍、抽搐等。
- 胶质细胞反应：小胶质细胞增生形成胶质小结，星形胶质细胞反应性增生，参与修复但可能影响神经再生，加重局部炎症。
- 血管病变：脑实质及脑膜血管扩张充血，血管周围淋巴细胞、单核细胞浸润，形成“袖套状”浸润，可导致脑组织缺血、水肿。
- 脑水肿与颅内高压：病毒感染引发血管通透性增加，脑组织水肿，颅内压升高，严重时形成脑疝，压迫脑干危及生命。
特殊人群注意事项：婴幼儿血脑屏障功能不完善，易进展为重症，需密切监测意识、体温及颅内压；老年人免疫功能低下，恢复能力差，后遗症风险较高，应尽早干预。
