直肠退烧有一定的副作用，如局部刺激与损伤、肠道功能紊乱、过敏反应、吸收异常与疗效波动等。
1.局部刺激与损伤
药物直接接触直肠黏膜，可能引发肛门灼热、疼痛，甚至黏膜充血、水肿。操作不当，如栓剂尖锐边缘划伤直肠壁，可能导致出血或继发感染，表现为肛周红肿、疼痛加剧，严重时可形成肛周脓肿。
2.肠道功能紊乱
药物可能影响肠道正常蠕动，导致腹泻或便秘。儿童、老年人肠道敏感，更易出现排便次数增多、腹胀等不适。
3.过敏反应
部分患者对药物成分或基质过敏，可能出现皮疹、瘙痒，甚至呼吸困难等严重反应。
4.吸收异常与疗效波动
直肠环境、排便情况影响药物吸收，可能导致血药浓度不稳定，出现退烧效果不佳或体温反复。
