头阵痛大多数由神经痛所引起，临床上常见的疾病包括三叉神经痛、枕大神经痛和颞神经痛。神经痛临床上分为原发性和继发性。
原发性神经痛确切的病因尚不明确，可能与病毒感染有关，也可能是由于其他原因引起的神经脱髓鞘改变，从而导致神经异常放电，可能会引起患者头痛，临床上主要表现为阵发性剧烈疼痛，持续时间短暂，多数可持续数分钟或数秒钟不等，主要是给予对症治疗，可以口服卡马西平，也可以口服奥卡西平或苯妥英钠。
如果为继发性神经痛，一般有明确病因，常见病因有脑肿瘤，也可能是由于中枢神经系统感染，比如脑膜炎所引起，另外，也可见于脑梗塞和多发性硬化的患者。
