刚怀孕两个月查出了巨细胞病毒的感染,那要具体的看一下抗体的情况。若是lgM阳性的话,那就说明病毒仍然是在活动期,因为此病毒可以经过胎盘进入胎儿体内,造成胎儿发育畸形,特别是脑部的发育畸形,这个时候最好是结束妊娠,也就是说可以做人工流产。由于是怀孕的时间比较短的,人工流产是一个小手术,也不需要很担心。但是若是lgG阳性,这就说明之前感染过巨细胞的病毒目前已经没有传染性了,对这次怀孕的胎儿是没有影响的,定期的做好孕期检查就可以了,是不需要担心的。最好在怀孕以前就要做一下病毒的情况,如果有病毒感染的话,积极的进行治疗。