自身免疫性肝炎预后差别较大，未经治疗的病人可缓慢进展为肝硬化或发展为急性、亚急性暴发性肝病，最终以各种并发症而死亡，回顾性分析表明严重的自身免疫性肝病病人如果不经治疗，三年的生存率为50%，五年的生存率仅为10%，治疗后病人二十年的生存率可达80%，其寿命和性别、年龄相匹配的正常健康人群无明显差异；无症状者，HLA-DR3者，预后相对较好，早期诊断并给予恰当的治疗是改善预后的最重要的手段，所以自身免疫性肝炎病人的寿命和病人自身免疫性肝病的类型和病人是否早期诊断、早期治疗密切相关。
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