婴儿感染巨细胞病毒后，在出生后两周内实验室证实有巨细胞病毒感染可诊断，5%到10%的临床症状严重感染时常有多系统血管受损。临床上主要以黄疸，而且是直接胆红素升高为主，和肝脾大最长见，可有血小板减少导致的。一般头小畸形、脉络膜炎、外周血增多、脑脊液蛋白增高，以及血清肝酶增高，部分患儿在婴儿期表现出感觉神经性耳聋和神经肌肉功能障碍，比如肌张力低下和瘫痪。巨细胞病毒感染还可以造成腹沟疝恶裂、胆道闭锁、心血管畸形和多囊肾等畸形。非典型者可以上述表现的多种组合形式表现出，严重感染病死率达30%，主要死因是肝衰竭、DIC和继发严重感染。幸存者非神经损害多可恢复，但是神经性损害常不可逆。90%的有后遗症，包括智力障碍，感觉神经性耳聋等。
