甲状腺全切以后，主要的后遗症就是甲状腺激素缺乏的后遗症，因为甲状腺激素是一个产热的激素，可以维持人体的代谢功能。因此，当甲状腺激素缺乏时，病人会表现出低代谢的相关的症状和体征，可以表现出怕冷、嗜睡、乏困、反应迟钝、声音嘶哑、腹胀、便秘、体重增加，甚至可以表现出麻痹性的肠梗阻，以及粘液性水肿，甚至严重的病人，还可以表现出粘液性水肿昏迷。因此，正常情况下，对于甲状腺行全切手术以后的病人，一定要及时的给予补充甲状腺激素的药物治疗，使用药物的目的就是将甲状腺功能维持在正常，或者接近正常的状态，防止表现出一些心血管的并发症。
