碘缺乏一般会造成三种疾病：甲状腺肿大、克汀病、亚临床性的克汀病。碘是合成甲状腺激素的一个非常重要的元素，碘缺乏会造成甲状腺激素合成不足，这时甲状腺就会代偿性增大，可表现为轻中重度肿大，若是重度肿大，会压迫食管、气管及神经，造成吞咽、呼吸困难及声音嘶哑。但有一些患者甲状腺并不在颈部而是在胸骨后，如果胸骨后的甲状腺肿大，可能会压迫食管或上腔静脉，造成一系列的临床表现。碘甲亢是少数地方性甲状腺肿患者由于长时间血清的促甲状腺激素水平升高，当适当补充碘后甲状腺合成过多造成碘甲亢。克汀病是在胚胎期缺碘而造成的胎儿促甲状腺激素和甲状腺激素减少，也叫呆小症。呆小症实际上对胎儿及儿童时期的神经系统发育是非常大的损害。胎儿在四个月时基本能够合成自己的甲状腺激素，但这时由于母体缺碘造成胎儿甲状腺激素合成不足，会造成一系列的先天愚型如生长发育迟缓还有智力发育缺陷。
