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结膜炎的治疗，一般来说它的原则是局部治疗为主，全身治疗为辅，也就是说以眼部用药和眼部的冲洗为主要的治疗的方法。也就是说，根据病人结膜炎的原因，使用相应的眼药水、眼膏、眼凝胶等等药物。像我们所说的抗细菌的眼药水氧氟沙星眼药水、左氧氟沙星眼药水、洛美沙星眼药水、妥布霉素眼药水；以及抗病毒的眼药水更昔洛韦眼药水、阿昔洛韦眼药水等等。当然，有些是过敏原因引起的结膜炎，可以使用抗过敏的眼药水，像我们所说的羟甲唑啉眼药水、可的松眼药水等等。这是第1种治疗方法。
如果病人眼部分泌物比较多，尤其是由细菌感染引起的，这种情况脓性分泌物特别多，我们可以使用眼部冲洗、结膜囊冲洗的方法。一般最好是到医院，由护士为你做结膜囊的冲洗，冲洗眼部的分泌物、细菌、污染物等等，可以增强药物的效果，缩短病程，提高治疗的效果。甚至可以去除眼部的膜性的这种分泌物，为药物到达眼部，提高药物在眼部的浓度，这是第2种治疗方法。
如果有些严重的病人，像这种超急性的细菌性的结膜炎，像我们所说的脑膜炎双球菌或者是淋病双球菌引起的结膜炎，病情比较严重，会引起角膜的损伤、角膜的穿孔，这种情况要尽早使用抗生素，敏感的抗生素全身使用，包括我们所说的口服，甚至严重的还可以静脉注射、点滴等等。
