脑发育不良的病因不明确，可能与遗传因素、感染因素、妊娠高血压疾病等原因有关。
1.遗传因素
研究表明，脑发育不良具有一定的遗传性，父母有本病病史时，子女发生脑发育不良的可能性较大。
2.感染因素
母亲妊娠期间感染EB病毒、单纯疱疹病毒后，可能会影响胚胎的分裂，导致胚胎中枢神经发育异常，引起脑发育不良。
3.妊娠高血压疾病
妊娠高血压疾病可造成血管内皮损伤，胎盘灌注量不足，导致胎盘功能下降，引起慢性宫内缺氧，形成脑发育不良。
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