食管良性肿瘤目前发病机制尚未完全明确，通常与胚胎发育畸形、病毒感染、胃食管反流等有关。
1、胚胎发育畸形
在胚胎发育期间，上消化道空泡化过程出现异常，食管局部形成囊样空腔，导致发病。
2、病毒感染
机体感染HPV，该病毒和鳞状上皮亲和性较高，易导致上皮出现增生，形成良性肿瘤。
3、胃食管反流
若胃内容物长期反流入食管，易引起局部黏膜损伤，并产生炎症，在炎症长期刺激下，局部组织可出现增生，导致发病。
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