亚急性甲状腺炎的发病原因与病毒感染、免疫系统异常、遗传等有关。
1、病毒感染
多数患者在患病前曾有呼吸道感染、腮腺炎感染病史，检查发现患者甲状腺中会有柯萨奇病毒、流感病毒、腺病毒、腮腺炎病毒等，因此考虑发病与病毒感染有关。
2、免疫系统异常
部分患者是因为机体内免疫活性细胞病变产生的抗原抗体复合物引起甲状腺破坏从而致病。
3、遗传
部分患者可能与先天性抑制T细胞功能缺陷有关。
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