自然流产的病因主要有胚胎因素、母体因素、父亲因素等。
1、胚胎因素
胚胎染色体数目和结构异常是造成自然流产的常见原因，可能与遗传、感染、药物等因素有关。
2、母体因素
孕妇年龄偏大、既往有过流产史、存在严重感染、高热、贫血、肝肾疾病、生殖器畸形、内分泌异常、强烈应激等情况，也可能造成自然流产。
3、父亲因素
男性在备孕期间酗酒吸烟、作息不规律、过于劳累、接触有毒有害物质等可以导致精子质量低下，从而对胚胎产生影响，引起自然流产。
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