子宫纵隔的病因并不明确，可能是基因突变、染色体异常、用药不当等原因引起的。
1.基因突变
患者处于胚胎时期出现基因突变的情况时，可造成其纵隔未被完全吸收，从而导致患者出现子宫纵隔的情况。
2.染色体异常
患者发生染色体异常的情况时，可导致其双侧副中肾管融合后纵隔未被吸收，引起子宫纵隔形成。
3.用药不当
患者长期大剂量服用雌激素类药物，导致其出现自身子宫发育异常的情况，患者可表现为子宫纵隔。
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