皮下囊肿的病因因为疾病类型的不同，原因也不同，如粟丘疹、表皮样囊肿、皮样囊肿等，具体如下：
1.粟丘疹
若出现原发性的粟丘疹，可能是未发育的皮脂腺和毳毛漏斗部下端的上皮引起。继发性通常是外伤，带状疱疹水疱后。
2.表皮样囊肿
表皮样囊肿的出现通常是外伤或是手术导致上皮细胞植入皮下生长引起。
3.皮样囊肿
其是由于偏离原位的皮肤细胞原基所形成的先天性囊肿。
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