蛛网膜囊肿根据病因可分为原发性与继发性。
1、原发性蛛网膜囊肿
该类型比较常见，主要是因为软脑膜发育异常所致。部分原发性蛛网膜囊肿患者会同时伴有脑血管畸形和胼胝体发育不良，间接说明该疾病可能与先天性发育缺陷有关。其次，胚胎发育期蛛网膜的分裂与复制异常会导致脑脊液样液体积聚，形成原发性蛛网膜囊肿。
2、继发性蛛网膜囊肿
常见于颅脑外伤或颅内感染后炎症，由于蛛网膜粘连将脑脊液包含在其中形成。
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