滑膜囊肿的病因有慢性损伤、类风湿关节炎、滑膜软骨瘤病等。
1、慢性损伤
长时间进行重体力劳动，过度使用关节，会导致关节发生慢性劳损，使滑膜产生无菌性炎症。而滑膜发生无菌性炎症后，可分泌大量炎症因子，继而引起滑膜囊肿。
2、类风湿关节炎
关节部位发生类风湿关节炎后，导致关节内软骨和骨的破坏，长此以往会形成滑膜囊肿。
3、滑膜软骨瘤病
如果患者发生了滑膜软骨瘤病，也会增加滑膜囊肿的发病风险。
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