颅咽管瘤分为造釉型和乳头型，不同类型的颅咽管瘤病因有所不同，具体如下：
1、造釉型
造釉型颅咽管瘤与体细胞CTNNB1基因突变有关，主要是因为CTNNB1基因发生突变后会使β链蛋白的稳定性升高，从而激活WNT/β-链蛋白信号转导通路，引起造釉型颅咽管瘤。
2、乳头型
乳头型颅咽管瘤的发生与BRAF V600E基因突变有关，主要是因为BRAF V600E基因突变导致MAPK的通路发生活化，进而促进乳头型颅咽管瘤肿瘤形成。
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