食管闭锁可能是基因突变、环境致畸因子等原因引起的;用药不当可诱发食管闭锁。
一、基本病因
1、基因突变
患者发生基因突变的情况时，可造成其前肠的发育出现异常，前肠进入患者的食道侧隔缺损会，可导致其出现食管闭锁的情况。
2、环境致畸因子
孕妇怀孕期间接触放射线、化学制剂等有害物质时，可对胎儿的细胞分化产生影响，使其出现食管生长发育畸形的情况。
二、诱发因素
孕妇妊娠期间使用阿霉素、雌激素制剂等药物时，可对其胎儿的生长发育造成影响，从而诱发食管闭锁的形成。
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