精原细胞瘤的发病原因尚未明确，可能是原始生殖细胞在发育过程中出现变异造成的。
精原细胞瘤是生殖细胞肿瘤的一种，主要起源于胚胎期生殖上皮和生精小管中的原始生殖细胞，由于这些细胞在胚胎发生过程中会逐渐迁移到睾丸，如果在发生过程中产生变异，没有继续分化，保留了类似原始生殖细胞的特征时，会因为不受控制的增殖形成精原细胞瘤。其次，隐睾、尿道下裂、家族史、染色体异常、雄激素不敏感综合征和混合性腺发育不全等因素均会增加精原细胞瘤的发病几率。
男性日常应注意维持良好的生活习惯，有助于降低该病的发生几率。
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