双子宫可能与基因或染色体异常、服用雌激素类药物等因素有关。
双子宫属于一种先天性疾病，而且比较罕见，其病因并不明确，有研究表明可能与一些遗传因素有关，比如当胚胎的基因或染色体存在异常，或发生突变时，可能会导致胎儿时期的双侧副中肾管无法完全融合，造成子宫发育异常，从而形成两个子宫体、两个子宫颈以及左右侧子宫各有一个输卵管和卵巢的异常生理结构。另外，母体在怀孕时服用雌激素类药物，可能也会增加胎儿子宫发育异常的风险，从而形成双子宫。
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