甲状腺钙化主要是由于甲状腺局部缺血缺氧、组织坏死引起的。
引起甲状腺钙化的原因有很多，包括良性甲状腺疾病，例如桥本甲状腺炎、结节性甲状腺肿、滤泡状腺瘤等，以及恶性甲状腺疾病，例如甲状腺乳头状癌、甲状腺滤泡状癌等，这类疾病会影响到甲状腺细胞的正常代谢，使甲状腺局部缺血缺氧、组织坏死，而坏死的甲状腺组织会产生较多的碱性磷酸酶，水解有机磷酸酯，导致坏死组织局部磷酸增多，磷酸与血液中的钙离子结合形成磷酸钙，并沉积在坏死组织中，从而形成甲状腺钙化。
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