肺泡蛋白沉积症在临床上分为自发性肺泡蛋白沉积症、先天性肺泡蛋白沉积症、继发性肺泡蛋白沉积症等，因疾病类型不同，病因也具有一定差异性，具体如下：
1.自发性肺泡蛋白沉积症
其疾病的出现通常是自身免疫力异常，出现GM-CSF减少，从而导致肺泡巨噬细胞对于肺泡表面活性物质清除障碍。
2.先天性肺泡蛋白沉积症
考虑是由于基因突变导致粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子无法正常发挥作用导致。
3.继发性肺泡蛋白沉积症
此病发病机制尚未明确，可能是由于特殊感染、肿瘤、免疫功能缺陷性疾病等导致，肺泡巨噬细胞异常或是表面活性物质代谢异常引起。
