脑炎后遗症可能是病毒感染、寄生虫感染、真菌感染引起的。
1、病毒感染
虫媒病毒、疱疹病毒、肠道病毒、麻疹病毒等侵犯脑实质造成感染引起脑炎，脑炎对于脑组织造成损伤，导致急性期过后出现后遗症。
2、寄生虫感染
弓形虫、阿米巴虫、肺吸虫等感染脑实质造成脑炎，经过急性期的治疗遗留不同程度的神经功能障碍。
3、真菌感染
念珠菌、曲霉菌等引起脑炎，脑炎损伤神经功能，可以留下后遗症。
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