临床上并未明确肌纤维母细胞瘤的病因，肌纤维母细胞瘤的发生可能与基因重组、组织异常修复、病毒感染等原因有关。
1.基因重组
患者体内2p23染色体的ALK基因发生重组的情况时，可造成其体内的遗传信息发生变化，机体可复制、转录和翻译异常的蛋白质，促使其体内的细胞发生癌变，引发肌纤维母细胞瘤。
2.组织异常修复
患者体内的部分组织出现异常修复的情况时，可引起关联的蛋白质变性，诱发肿瘤细胞的产生，进一步形成肌纤维母细胞瘤。
3.病毒感染
患者感染EB病毒、单纯疱疹病毒等病毒时，病毒可对其体内的遗传物质产生影响，促进正常细胞的癌变，从而导致患者发生肌纤维母细胞瘤。
