多囊肝主要是由于基因突变引起的。
基因突变是引起多囊肝的基本病因。患者发生基因突变的情况时，可造成其细胞内信息传递的方式和途径出现异常，从而导致其出现细胞功能障碍的情况，进一步造成其肝内胆管的结构发育畸形，引发多囊肝的形成。
怀孕次数较多的人群以及经常使用雌激素和孕激素药物的人群发生多囊肝的风险会增加，因此其日常生活中应该做好避孕措施，避免擅自用药。
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