颅内畸胎瘤的病因不明，可能是由于基因突变、胚芽移行异常等原因引起的，环境污染可诱发颅内畸胎瘤。
一、基本病因
1、基因突变
患者发生基因突变的情况时，可造成其体内出现额外或缺失的性染色体，促使其体内的生殖细胞异常分化，从而导致患者发生颅内畸胎瘤的情况。
2、胚芽移行异常
患者发生胚芽移行异常的情况时，原始生殖细胞可向生殖泌尿系统迁移，迁移过程中出现的细胞巢可发展成生殖细胞肿瘤，引发颅内畸胎瘤的形成。
二、诱发因素
孕妇妊娠期间接触被化学制剂污染的空气时，可对其宫腔内胚胎组织的发生产生影响，从而诱发颅内畸胎瘤的发生。
