毛发上皮瘤主要是由于遗传因素引起的。
毛发上皮瘤属于常染色体显性遗传病。患者遗传其父亲或母亲一方或双方体内突变的CYLD基因时，CYLD的抑癌基因可受到影响，导致其出现皮肤基底细胞异常增殖的情况，进一步导致患者发生毛发上皮瘤的情况，但是单发性毛发上皮瘤一般不具有家族遗传特性。
正常的基底细胞不仅可以变成毛囊组织，还可以变成毛发，促进毛囊组织的新陈代谢，但是基底细胞异变时则会引发毛发上皮瘤。
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