心脏横纹肌瘤病因不明，主要是由于基因突变引起的。
基因突变是引起心脏横纹肌瘤的基本病因。患者处于胚胎时期时发生基因突变的情况，可造成其胚胎心肌母细胞发生错构的情况，导致其心脏发育出现异常，从而形成肿瘤性病变，进一步导致患者发生心脏横纹肌瘤的情况。
年龄、有心脏横纹肌瘤家族遗传史以及家族中有结节硬化症患者等因素是引起心脏横纹肌瘤的危险因素。
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