十二指肠良性肿瘤的发病原因不明，可能与慢性刺激、遗传因素等原因有关。
1.慢性刺激
胰液、胆汁等内容物在患者的十二指肠部位分泌，持续对其十二指肠黏膜产生刺激时，可能会造成其十二指肠黏膜出现炎症性病变，从而导致其出现十二指肠良性肿瘤的情况。
2.遗传因素
十二指肠良性肿瘤具有一定的家族聚集性发病的倾向，患者的亲属患有结肠息肉病、十二指肠腺瘤等疾病时，可造成其患病的概率增加。
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