小儿颅内肿瘤病因并未明确，该疾病的发生可能与病毒感染、遗传因素、胚胎残留、理化因素等原因引起的。
1.病毒感染
患者感染疱疹病毒、艾滋病病毒、流感病毒等病毒时，可对其DNA和RNA的合成造成影响，从而导致其出现小儿颅内肿瘤的情况。
2.遗传因素
小儿颅内肿瘤可能为常染色体显性遗传病，患者的父母有小儿颅内肿瘤史时，其发生小儿颅内肿瘤的可能性较大。
3.胚胎残留
患者的颅内有胚胎组织残留时，残留的胚胎组织可逐渐发展形成肿瘤，患者此时也会出现小儿颅内肿瘤的情况。
4.理化因素
患者长期接触放射线、苯并芘、甲基亚硝脲等物质时，可导致其出现基因突变的情况，引起细胞的异常增殖，进一步引发小儿颅内肿瘤形成。
