表皮痣主要是由于基因突变、遗传因素等原因造成的，环境因素可能会诱发表皮痣。
一、基本病因
1、基因突变
FGFR3基因和PIK3CA基因突变时，可能会造成表皮细胞异常增殖，导致表皮痣发生。
2、遗传因素
表皮痣具有一定的遗传性，表现为染色体显性遗传，父母患有表皮痣时，子女患病的可能性较大。
二、诱发因素
长期待在有电离辐射的环境中时，若未做好防护措施，易引起基因改变，形成表皮痣。
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