细菌性阴道炎的直接病因是阴道内正常菌群失调。
正常情况下，女性阴道内95%的菌群是乳酸杆菌，其产生的乳酸可以维持阴道内的酸性环境，抑制有害微生物过度生长。当阴道内占优势的乳酸杆菌减少，酸性的阴道pH值升高时会导致阴道微环境失衡，造成阴道加德纳菌、动弯杆菌、类杆菌等厌氧菌以及人型支原体大量繁殖，引发细菌性阴道炎。
另外，多个性伴侣、阴道冲洗、性交频繁以及不良的生活习惯等因素都会增加细菌性阴道炎的发病几率。
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