骨囊肿的病因尚未完全明确，考虑与骨内静脉回流受阻、骨内血管末梢阻塞、创伤性血肿等因素有关，具体如下：
1、骨内静脉回流受阻
患者骨骼在生长发育过程中发生异常，可导致骨内静脉回流受阻，使得间隙体液淤积。当骨骼吸收体液时，即可引起骨囊肿。
2、骨内血管末梢阻塞
如果患者骨内血管末梢阻塞，可导致血液运行不畅，进而造成骨囊肿。
3、创伤性血肿
患者骨质遭受外伤，可造成创伤性血肿。部分创伤性血肿可吸收骨化，进而导致骨囊肿。
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