珍珠状阴茎丘疹的病因不明，可能是生理现象，也有可能是局部卫生不良、包皮过长等因素造成的。
1、生理现象
珍珠状阴茎丘疹可能为生理发育上的变异，多在青春期后20-40岁发生，好发于冠状沟。
2、局部卫生不良
外生殖器局部卫生不良，冠状沟容易有细菌繁殖，长期刺激会引发珍珠状阴茎丘疹的形成。
3、包皮过长
包皮过长会导致男性对阴茎的清洗不到位，冠状沟内的分泌物会聚集，形成包皮垢，从而刺激阴茎冠状沟形成珍珠状阴茎丘疹。
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