根据骨缺损的病因可以分为先天性骨缺损和后天性骨缺损，不同类型原因有所差别。
1、先天性骨缺损
先天性骨缺损可能与遗传有关，常在出生后被发现，可能是胚胎在生长发育过程中受到疾病、宫内异常压力、药物、放射线等因素影响造成的，如先天性胫骨骨不连。
2、后天性骨缺损
可见于外伤，如严重交通事故造成开放性粉碎性骨折，导致骨块丢失。急慢性损伤后，骨骼缺血性坏死或是创伤后手术清创也会导致骨丢失。部分患者会合并较为严重的感染，为控制感染不得已进行彻底清创也会造成骨缺损。骨肿瘤患者切除病灶也可导致骨缺损。
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