先天性食管闭锁无有效的预防措施，避免电离辐射、不要接触有毒的化学物质、加强防护措施可以降低本病的发病概率。
1.避免电离辐射
女性妊娠期间应该尽量避免待在有电离辐射的环境中，若工作需要无法避免，则应该做好防护措施，预防先天性食管闭锁。
2.不要接触有毒的化学物质
女性平时需要注意避免接触油漆、有机磷农药等有害的化学物质，以免胎儿发育出现异常，导致先天性食管闭锁的情况发生。
3.加强防护措施
女性妊娠期间应当注意尽量不要去人多拥挤的公共场所，加强个人卫生，防止出现宫腔感染的情况，降低先天性食管闭锁的发病风险。
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