小阴茎的典型症状是阴茎明显小于正常长度，还会有第二性征发育缺如、全身发育迟缓、性功能异常、不育等伴随症状。
1、阴茎明显小于正常长度
患者的阴茎外观正常，但是长度与年龄不符，会小于正常同龄人阴茎平均长度2.5个标准差以上。但是其阴茎的长度与直径比值正常。新生足月儿阴茎牵拉后长度通常在1.9cm以下。
2、第二性征发育缺如
若是因为机体雄激素水平低下导致的小阴茎，通常在青春期时，患者的第二性征也不会出现，如喉结突出、声音低沉、长出胡须、阴毛等。
3、全身发育迟缓
如果是因为下丘脑-垂体结构功能障碍造成的阴茎短小，通常会伴发生长激素分泌异常，从而出现身高、语言、运动、精神等方面发育落后的现象。
4、性功能异常
小阴茎会对男性心理造成影响，导致其无法进行正常的性生活或出现性功能障碍。
5、不育
若是因为性染色体异常导致的小阴茎，可能会导致患者没有正常精子细胞产生，从而造成男性不育。
