肺部真菌感染可采取一般治疗、药物治疗、手术治疗等手段控制病情发展。
1、一般治疗
呼吸困难者给予氧气吸入，严重者可进行机械通气，期间进行静脉补液，避免出现水电解质紊乱。
2、药物治疗
孢子菌感染者使用克林霉素、复方磺胺甲恶唑等药物进行治疗，隐球菌感染者使用氟康唑、伊曲康唑等药物控制感染，曲霉菌感染、假丝酵母菌感染者可使用伏立康唑、卡泊芬净等药物抑制体内真菌，限制感染扩散。
3、手术治疗
感染严重且上述治疗无效时可采取肺叶切除术将感染部位切除。
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