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新生儿适合做体外膜肺氧合技术主要是为了治疗危重症疾病，而危重症疾病是一种可恢复性的疾病，如果疾病不可恢复或致死率较高，则做体外膜肺氧合技术就没有意义。不是所有的疾病都需要使用体外膜肺氧合技术，而是预计到常规治疗手段，比如呼吸机、药物治疗的情况下患儿死亡率较高，才考虑采用体外膜肺氧合技术。
体外膜肺氧合技术在新生儿阶段的常见病辅助病种，包括先天性膈疝、胎粪吸入综合征以及新生儿持续性肺动脉高压，近五年来在国际生命支持组织的所报道的统计中，占所有的生儿呼吸ECMO支持的75%。还包括其他疾病，比如脓毒血症占10%，呼吸窘迫综合征占5%，其他疾病总计占9%左右。
