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胃食管反流的并发症主要是食管内的一些表现和食管外的一些表现。胃食管反流的并发症主要是通过胃镜发现的，包括反流性食管炎、巴雷特食管、食管狭窄，少数患者还会出现食管腺癌。不同的并发症所表现出的症状也不同。
食管炎会出现食管黏膜脱落，还会持续糜烂、溃疡等症状。巴雷特食管是食管黏膜它的鳞状上皮脱落以后，被柱状上皮新生的柱状上皮替代，巴雷特食管在有些患者中属于癌前病变，会提高患者出现食管腺癌的发生几率。
其次，患者的咽喉部还会持续新生物，产生接触性肉芽肿、声带白斑、声带息肉以及咽喉部癌症。还会出现支气管扩张等慢性气道炎症。
