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飞秒激光手术，整体发展史已经将近30年，该手术本身已经经过了FDA以及中国的SDA论证，所以可以说明本身是安全的手术。
但是，由于飞秒激光手术需要做消毒处理，患者在愈合的过程中，如果发生意外，很有可能会导致恢复时间延迟，出现层间反应。
其次，在飞秒激光手术后的愈合过程当中，术后半年内患者会出现干眼症表现，即看近物比较困难，而在夜晚开车时，会有炫光表现。
另外，飞秒激光手术后最严重的并发症是圆锥角膜，即继发圆锥角膜，但是随着检测设备的不断完善，目前已经能够大大提高手术安全性，所以患者也不必过于担心。
