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溃疡结肠炎的诊断主要根据临床症状，临床症状上就是腹泻、粘液脓血便、里急后重等。因为溃疡性结肠炎的发生都是从直肠开始，呈连续性的病变开始向上发展。不是和克罗恩病一样，是一段一段的发展，中间有好的肠道。溃疡结肠炎基本上都是从直肠开始，到乙状结肠，到左半结肠，严重时会到全结肠，极少数可能会有一部分倒灌性的回肠炎，和回肠末端的炎症，但是大部分都局限于结肠。所以诊断主要是依据症状，患者里急后重比较明显。每次去排便都觉得不痛快，排完之后可能觉得里面还有大便，然后再排的时候就没有了，可能会排出点粘液或者排出点脓血，总是有排便不尽的感觉。严重的患者会伴有低热或者心率加快、血沉增快等表现。
诊断本病还要结合肠镜下表现来看，肠镜下表现的特点就是呈弥漫性的、连续性的分布，从直肠开始，这是不同于其它疾病的特点。但不一定每个人都能看到溃疡，因为溃疡只是在某阶段出现，所以有时候只是明显的充血水肿，肠黏膜脆性增加，或者黏膜粗糙，呈颗粒状或者糜烂。一些严重的情况下，可能有溃疡，或者有粘液脓胎附着，可以见到结肠袋的消失，这些都是内镜下的表现。
除了内镜下表现以外，还要重视的病理诊断。病理诊断有很重要的作用，也有一定的鉴别作用。在内镜下可以取黏膜，之后在显微镜底下做切片，看一看组织细胞的情况，也能够帮助诊断。另外，看看有没有癌变的趋势。比如看到有黏膜的不典型增生，可能一开始是轻度的不典型增生，发展到一定程度的时候，可能就变成中度或者重度。比如跟上楼梯一样，一楼是炎症，到二楼就是癌，中间的过程就是各种程度的不典型增生。如果发展到重度的不典型增生，需要引起高度的重视，有必要的时候可能需要进行外科干预。
