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尿液中的上皮细胞来源于肾小管、肾盂、肾盏、输尿管、膀胱和尿道，主要分为以下三类：
第一类是鳞状上皮细胞，主要来自尿道前端，健康人的尿液中可见少量的鳞状上皮细胞。如果有明显的增多或成堆的出现，并且伴有白细胞的增多，则提示存在炎症。
第二类是胰型上皮细胞，胰型上皮细胞来自于肾盂、输尿管、膀胱等部位，通常分为表层的胰型上皮细胞、中层的胰型上皮细胞和底层的胰型上皮细胞。在尿液中单独的少量出现胰型上皮细胞，没有明显的临床意义。但肾盂、输尿管或膀胱颈处有炎症时可大量出现，并伴有白细胞和红细胞的增多。
第三类是肾小管上皮细胞，肾小管上皮细胞来自肾小管，正常尿中很少出现，如果出现或增多，则提示肾小管存在病变，多见于急性肾小球肾炎。如果成堆的出现，则提示肾小管有坏死性病变。肾移植手术后一周的患者，在尿液中也可见较多的肾小管上皮细胞，随后逐渐减少恢复正常，排斥反应发生时尿中可再度出现成片的肾小管上皮细胞。
